BIPEA składa się z Walnego Zgromadzenia Członków, Zarządu Głównego, Grupy Doradczej oraz Biura. Rolą tych jednostek jest zarządzanie Stowarzyszeniem, zarówno administracyjne jak i techniczne.

Biuro BIPEA jest stałą strukturą odpowiedzialną za zarządzanie administracyjne, organizacyjne i operacyjne stowarzyszenia BIPEA.

Aby umożliwić optymalne zarządzanie organizowanymi badaniami biegłości, BIPEA opiera się na następujących grupach doradczych:

  • Doradcy naukowi: specjaliści odpowiedzialni za wspieranie BIPEA w tworzeniu strategii naukowej i technicznej.

  • Techniczny Zarząd Główny: organ ds. pomocy naukowej i technicznej, w skład którego wchodzą doradcy naukowi i przewodniczący komisji technicznych.

  • Komisje techniczne: każdy program badania biegłości reprezentowany jest przez komisję techniczną, w skład której wchodzą uczestnicy danego programu. Komisje te stanowią forum do dyskusji, dając uczestnikom możliwość wymiany poglądów, przedstawienia propozycji i zaleceń w celu ulepszenia programu.

Grupy techniczne składają się z członków komisji technicznych. Są to zazwyczaj kierownicy laboratoriów, o uznanych kompetencjach w danej dziedzinie, zaangażowani w działalność jednostek normalizacyjnych lub akredytujących. Ich rola polega w szczególności na opracowaniu propozycji oceny wyników laboratoryjnych (wartość przypisana, wartość tolerancji), zatwierdzaniu wyników badań biegłości oraz przygotowaniu projektów metod lub badań.